Lionel Baier (né le 13 décembre 1975 à Lausanne) est un réalisateur suisse.
Dès 1992, il programme et cogère le Cinéma Rex à Aubonne. En 1999, il se lance dans la réalisation avec "Mignon à croquer", un court métrage de fiction. Son premier documentaire, "Celui au Pasteur", est diffusé par la Télévision suisse romande et le fait connaître. Il tourne ensuite "La Parade", un documentaire sur la Gay Pride 2001 en Valais.
Depuis 2002, il est chef du département cinéma de l'École cantonale d'art de Lausanne. En 2005, il a obtenu le Prix culturel "Jeunes créateurs" de la Fondation vaudoise pour la promotion et la création artistique. Il s'est vu par ailleurs décerné le "Best European director Prize", au NEFF 2005 de Vitoria-Gasteiz. A également collaboré avec la documentariste Jacqueline Veuve.
